1816-1821, les prisonniers de la Terreur Blanche
Sans compter les conscrits réfractaires de 1811, internés au fort (voir la rubrique sur les déserteurs), des Mamelouks (ou Mameluks) de l'ex-Garde impériale sont eux aussi emprisonnés avec leur famille. Le terme de "réfugié" est employé, parce que l'on considère que l'on a "mis à l'abri ces personnes", en les parquant dans l'île.
L’escadron des mamelouks de la Garde impériale est une unité de cavalerie légère d'origine égyptienne, créée par Napoléon Bonaparte à son retour d'Égypte, et en service dans l'armée française de 1801 à 1815. Ce corps est la troisième formation de cavalerie intégrée dans la Garde impériale et son premier élément étranger. Ces orientaux venus s'installer à Marseille en 1801, après la campagne d'Orient menée par Napoléon Bonaparte, furent persécutés et parfois massacrés, pendant la Terreur Blanche (25 juin 1815).
Les Mamelouks restés à Marseille sont mis en état d'arrestation et traités en "ennemis politiques". Certains se sont exilés. D'autres ont été transférés au Fort de l'île Sainte-Marguerite. Ils vécurent sur l'île entre 1816 et 1821, avant d'être transférés sur l'une des îles d'Hyères (Var). Nos registres d'état civil en ont gardé la trace de 1816 à 1821 : par des naissances, mariages et enterrements.
La présence de Mamelouks dans le Fort de l'île Sainte-Marguerite ne semble être qu'un prélude à la présence d'autres "Orientaux" prisonniers suite aux conquêtes françaises en Afrique du Nord, à savoir la prestigieuse Smala d'Abd-el-Kader et les différentes vagues de prisonniers algériens jusqu'à la fin du XIXe siècle.